Noblesná palácová stavba v duchu historizujúcej novorenesancie, slúžiaca ako múzejná budova, bola uvedená do prevádzky v roku 1901 a je prvá svojho druhu na území dnešného Slovenska.

Na jej priečelí dominujú pod erbom mesta Košice a nápisom MÚZEUM štyri obdĺžnikové medailóny s nápismi ÉPÍTÉSZET (architektúra), SZOBRASZAT (sochárstvo), FESTÉSZET (maľba), RÉGÉSZET (archeológia), vyjadrujúce hlavné smery počiatočnej zberateľskej činnosti múzea. V budove sa nachádzajú výnimočné umelecko-historické expozície ZAŽI BAROK, ZAŽI GOTIKU, SALON RENAISSANCE a zážitková numizmatická expozícia CESTA ZA POKLADOM. 

Drevený kostolík bol pôvodne zasvätený sv. Mikulášovi, biskupovi. Múzeum ho získalo v roku 1927 kúpou na základe dohody s gréckokatolíckym farským úradom a obcou Kožuchovce, ktorá chcela značne zničený objekt v tom čase zbúrať. Múzeu sa ho podarilo zachrániť spolu s interiérovým zariadením a v rokoch 1927 – 1928 znovu postaviť na nádvorí Historickej účelovej budovy, ako objekt prvého skanzenu ľudovej architektúry na Slovensku.

Replika exilového domu z tureckého mestečka Rodošto, kde vodca posledného uhorského stavovského povstania František 

II. Rákoci prežil svoj exilový život ako exulant v rokoch 1720-1735. V objekte je umiestnená expozícia venovaná práve Františkovi II. Rákocimu. Budova je situovaná v areáli Katovej bašty, ktorá mala pôvodne obrannú funkciu – chránila prístup do kráľovskému domu a radnice mesta. V unikátnom systéme streleckých komôr je dnes zriadená expozícia palných zbraní od ich prvopočiatkov po 18. storočie. Na poschodí Katovej bašty sa nachádza Galéria Bašta, v ktorej sa vystavuje predovšetkým tvorba regionálnych umelcov.

Budova Divízie bola postavená v roku 1908, pričom v nej sídlilo od konca vojny až do roku 1996 vojenské veliteľstvo. Stavba bola navrhnutá veľmi progresívne, so širokým uplatnením 

 železobetónových konštrukcií, čo bolo začiatkom storočia v Košiciach prevratnou novinkou. Za čias Rakúsko-Uhorska v nej pobývalo veliteľstvo 6. armádneho zboru, za prvej Československej republiky zas veliteľstvo 11. divízie. Vďaka tomu sa zaužíval i názov budovy – Divízia. V súčasnosti je Divízia nielen múzejným objektom, ale aj sídlom Košického samosprávneho kraja. V múzejnom krídle objektu je umiestnená prírodovedná expozícia PRÍRODA KARPÁT a prírodopisná expozícia NITKY ŽIVOTA.

Budova Miklušovej väznice situovaná v centre historického mesta vznikla spojením dvoch gotických meštianskych domov pochádzajúcich z 13.-14. storočia. Od začiatku 17. storočia do roku 1911 budova slúžila ako mestská väznica. V súčasnosti sa v nej nachádza expozícia dobového väzenstva a súdnictva. Katov byt vybudovali pravdepodobne v druhej polovici 17. storočia nad starou hradbovou uličkou. S väznicou bol prepojený krytou pavlačou.

Dom remesiel na Hrnčiarskej ulici v Košiciach je verejnosti známy svojimi výstavami a akciami spätými s historickými 

remeslami, akými sú rezbárstvo, kamenárstvo, kovolejárstvo či drotárstvo. Dvor remesiel zas poskytuje priestor súčasným remeselníkom, ktorí počas sprievodných podujatí múzea prezentujú ukážky svojej tvorby i jej výrobu. Objekt vybudovali na mieste niekdajšieho meštianskeho domu z 19. storočia, ktorý stál v pásme vnútorného opevnenia mesta.

Stavba Domu remesiel bola súčasťou projektu Otvorené zóny č. 7- Ulička remesiel, realizovaného v rámci projektov Košice Európske hlavné mesto kultúry 2013.